Lo que realmente distingue al órgano barroco español de los demás, son las trompeterías horizontales. Su fuerza transmite un estilo musical serio, solemne y enérgico. El órgano de la iglesia de El Espinar fue construido entre 1709 y 1712 por Pedro Liborna Echevarría. Anteriormente se encontraba situado en el crucero, concretamente en el lado norte sobre una tribuna que se construyó sobre la sillería del coro para ello. Se trata de uno de los órganos más importantes construidos por el maestro Echevarría. Por sus características se acerca al de la catedral de Segovia y por la envergadura del mueble cabe suponer que se proyectó para un órgano de 26 palmos.

Durante el siglo XVIII sufre varias intervenciones por parte de Francisco Ortega (1727) , Manuel Segura (1751) y Juan de Inés y Ortega (1760). A lo largo del siglo XIX sufre intervenciones menores,  siendo durante el siglo XX cuando se acometan los cambios mas importantes, a manos de Ricardo Delgado (1947) bajo Dirección General de Regiones Devastadas. Se traslada el órgano al coro alto, frente al altar y se eliminan  de "la máquina" de Echevarría los secretos, tablones, mecánicas , etc. Desaparece el flautado original y se sustituye por otro de zinc. 

Se mejoran partes fundamentales del órgano, pero hay una parte muy importante del instrumento que se conserva tal y como se construyó; conservándose la composición y los registros partidos. El órgano de El Espinar, que cuenta con más de 1.000 tubos de estaño, fue reinaugurado por Jesús Guridi en 1949. En el año 2000 la Junta de Castilla y León puso en marcha una intervención integral. Aunque el órgano se encuentra alejado de la hechura de 1709, se conservan elementos fundamentales como son la tubería original y la composición; pese a tener que reconstruir algunos elementos mecánicos y otros detalles:  restauración del mueble, desmontaje completo y reconstrucción de la estructura para su posterior limpieza, encerado y montaje .

La caja del órgano es obra del escultor Mateo Escobedo y se realizó en 1716.